足寄教会は伝統的キリスト教のいろいろな流れのうち「メノナイト」というグループに属する教会です。カトリックとプロテスタントという、よく世界史などで出てくる分類で言うとプロテスタントの流れになりますが、実際には当時のプロテスタントから更に枝分かれした「アナバプテスト（再洗礼派）」と言う系統に属します。
アメリカのメノナイトの宣教団が日本に来て北海道で最初に伝道を始めたのが1951年でした。北海道の各地にメノナイトの教会が作られました。現在はそれらの教会が集まり、「日本メノナイトキリスト教会協議会」を組織しています。
足寄教会は帯広にいた宣教師から洗礼を受けた信者が、1956年に足寄で家庭集会を開いたのが始まりです。宗教法人登録後の1969年、現在の場所に緑色の三角屋根に白壁の会堂が建築され、足寄メノナイト教会としての正式な活動が始まりました。現在は教会員40名弱の小さな群れです。